Valutare precocemente il microbiota del ricevente rispetto a quello del donatore e individuare mutazioni geniche che possono interferire sull’efficacia terapeutica dei principali farmaci attraverso l’analisi in NGS – Next Generation Sequencing.
È questa una delle attività svolte dal Laboratorio di Sequenziamento, ovvero uno dei Laboratori di Ricerca Integrati che vedono la stretta collaborazione tra il Dipartimento Attività Integrate Ricerca e Innovazione dell’Azienda Ospedaliera e il Dipartimento di Scienze e Innovazione Tecnologica dell’Università del Piemonte Orientale.
L’analisi NGS in campo microbiologico è vasta e all’interno del Laboratorio integrato è utilizzata, appunto, per l’analisi del microbiota intestinale ai fini del trapianto, l’analisi dei micobatteri per l’identificazione di specie, la rilevazione precoce delle resistenze e il tracciamento epidemiologico, nonché per l’analisi filogenetica dei cluster epidemici da MDR, cioè i batteri multidrug resistant (multifarmaco resistenti).
In particolare, per quel che riguarda il microbiota intestinale l’analisi NGS consente di valutare precocemente il passaggio del microbiota dal donatore verso il ricevente, parametro fondamentale per la riuscita del trapianto. Per ciò che concerne i micobatteri, invece, offre grandissime possibilità sia dal punto di vista diagnostico, andando a individuare mutazioni geniche che possono interferire sull’efficacia terapeutica dei principali farmaci utilizzati di prima e di seconda linea, sia dal punto di vista epidemiologico, consentendo di tracciare la circolazione dei ceppi di micobatteri tubercolari nel territorio.
